KŠH hospodaří na Lesních hospodářských celcích (LHC) Školní polesí Hůrky , Školní polesí Vimperk a letiště České Budějovice, které jsou v majetku Jihočeského kraje.
LHC Hůrky se rozkládá v katastrálním území Smrkovice, Selibov, Maletice, Heřmaň, Putim, nedaleko Písku. Převažující dřevinou je smrk, borovice a douglaska. Podíl listnatých dřevin činí 14% z celkové zásoby. Druhové zastoupení je velice pestré a náročné na výchovu. Podle geomorfologického členění patří do oblasti Jihočeských pánví. Pro realizaci vědeckých úkolů bylo v minulém období založeno 12 zkusných a výzkumných ploch. Hospodaření na nich je prováděno v souladu s požadavky Výzkumného ústavu lesního hospodářství a myslivosti.
LHC Vimperk se rozkládá v katastrálním území Arnoštka, Pravětín, Vimperk, Skláře a Veselka jižně od města Vimperk. Druhově je zde 90% zastoupení jehličnanů a 10% listnáčů. Podle geomorfologického členění patří do oblasti Šumava. Celý LHC je zařazen do oblasti CHKO Šumava. Značná část lesních porostů je poškozena loupáním a ohryzem způsobeným jelení a mufloní zvěří v období šedesátých a sedmdesátých let minulého století.
Vytěžené dřevo se prodává převážně místním odběratelům a část je zpracována v pilařském provozu na Hůrkách. Podíl melioračních a zpevňujících dřevin při zalesnění činí více jak 30% z celkového množství sazenic. Významnou složku obnovy porostů činí přirozená obnova douglasky na LHC Hůrky a smrku na LHC Vimperk.